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Décrypter le génome des agrumes


​Un consortium international, auquel participait le CEA-IG (Genoscope), a séquencé le génome d’une dizaine de variétés d’agrumes. Le résultat apporte son lot de surprises concernant les liens de « parenté » entre oranges, pamplemousses et autres mandarines. Peut-être permettra-t-il aussi d’écarter la menace du dragon jaune… Ce résultat a été publié dans Nature Biotechnology en juillet 2014.

Publié le 25 septembre 2014

​Cultivés depuis les temps préhistoriques en Asie du Sud Est, les agrumes représentent aujourd’hui la plus importante récolte mondiale de fruits. Les variétés actuelles proviennent croisements très anciens, et non documentés, entre leurs deux ancêtres sauvages présumés : Citrus maxima pour les pamplemousses et C. reticulata pour les mandarines.
Afin de démêler cette longue et tortueuse histoire, un consortium international mené par l’Université de Floride et impliquant le CEA-IG (Genoscope) a séquencé le génome d’une dizaine de variétés. Les chercheurs ont d’abord établi une séquence de référence(2) (la première pour un agrume) du génome d’une clémentine, variété particulière de mandarine. Puis ils ont comparé cette séquence avec celle de quatre autres mandarines, une orange, une orange amère et deux pamplemousses.
Les pamplemousses actuels descendent bien de C. maxima mais les autres résultats bousculent quelques certitudes. Tout d’abord les mandarines, y compris les variétés dites « traditionnelles », comportent toutes des éléments de C. maxima, témoignant de croisements anciens: aucune ne provient uniquement de C. reticulata. Qui plus est, une mandarine sauvage venant de Chine, la Mangshan, n’est issue d’aucun de ces deux ancêtres ! Les chercheurs l’ont donc appelée C. mangshanensis, soulignant qu’il existe sans doute des espèces d’agrumes sauvages encore inconnues.
Si l’orange amère est un « simple » hybride de première génération entre C. maxima et C. reticulata, l’orange douce, le plus cultivé des agrumes, a une origine plus complexe. Elle résulterait du croisement d’une mandarine « traditionnelle » (mais non sauvage) avec une variété de pamplemousse… comportant elle-même des éléments de mandarine. Pour la bonne bouche, la clémentine provient en fait de la fertilisation accidentelle d’une mandarine « traditionnelle » par du pollen d’orange, survenue il y a un siècle en Algérie.
Outre cet éclairage généalogique, ce travail a surtout été motivé par le fait que les agrumes sont propagés par voie non sexuelle (greffe, multiplication végétative). Les populations, génétiquement très homogènes, sont donc particulièrement vulnérables. Les vergers subissent ainsi aujourd’hui une épidémie mondiale de Huang Long Bing (HLB) ou « maladie du dragon jaune ». Les généticiens espèrent créer des variétés plus résistantes en réalisant de nouveaux croisements.

(2) Ils ont dénombré environ 25 000 gènes sur neuf chromosomes

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