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Une base de données au service de la recherche en génomique


Une équipe du CEA-IBEB a créé une base de données pour la communauté scientifique qui recense les facteurs de transcription1 de près de 2000 génomes d’organismes procaryotes2. ​

Publié le 19 janvier 2013

​Dans un environnement changeant, la capacité d'évaluer les sources de nutriments et de stress constitue la principale base de la réponse adaptative des êtres vivants. Cette réponse passe par la modulation de la traduction de certains gènes en protéines. Cette régulation implique notamment des facteurs de transcription (TFs) qui allument ou éteignent l’expression de ces gènes. Ces TFs sont eux-mêmes des protéines, capables d’ajuster leur action en réponse à un signal environnemental (manque d’oxygène, de lumière, etc.). Mais qui sont-ils exactement ? Quid de leurs caractéristiques moléculaires ?

Les chercheurs du CEA-IBEB, à Cadarache, ont mis au point un outil informatique pour prédire, inventorier et cartographier de façon automatique les gènes d’un organisme exprimant des TFs. Ils ont ainsi construit une base de données libre d’accès, contenant les caractéristiques des TFs de l'ensemble des génomes d’organismes procaryotes disponibles actuellement, soit 1987 génomes et 43 métagénomes3.


  1. Protéines qui régulent l’expression des gènes.
  2. Etres vivants unicellulaires dont les cellules ne possèdent pas de noyau (exemple : bactéries). S'opposent aux eucaryotes (ex: Homme).
  3. Ensemble des génomes d’organismes prélevés dans un même écosystème.

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