​Comment les industriels explorent-ils le formidable potentiel génétique et chimique qu’offrent les centaines de millions d’espèces de microorganismes qui colonisent les continents, l’air et les océans ? La stratégie actuelle consiste à cribler des banques de bactéries environnementales afin de sélectionner les souches appartenant à des espèces connues pour produire des enzymes intéressantes. Parmi les bactéries ainsi sélectionnées, ne seront retenues que celles dont une enzyme présente les caractéristiques les plus proches des spécifications attendues. Or, peu d’outils allient à la fois rapidité et faible coût pour cette opération.

Voilà pourquoi les chercheurs du CEA-IBEB (CEA, Marcoule) ont développé une méthode innovante basée sur la spectrométrie de masse, notamment celle dite «MALTDI-TOF» (Matrix assisted Laser Desoption Ionization- Time Of Flight). Les travaux ont permis de définir, à partir des profils protéiques, des biomarqueurs utilisés pour cribler spécifiquement les bactéries d’un même genre ou d’une même espèce. La méthodologie, applicable dans un premier temps au genre Ruegeria, est maintenant utilisée, grâce à ces derniers travaux, sur un genre bactérien beaucoup plus large et très hétérogène génétiquement, les Roseobacter. Seulement trois marqueurs biologiques sont nécessaires ici pour cribler les différentes espèces de ce large groupe, qui représente environ 20% des bactéries marines.

Avec cette étude, le laboratoire vient d’ouvrir la voie à de nouvelles applications industrielles. Il permettra, par exemple, d’explorer pour la chimie verte, en moins de 10 minutes et pour un coût très bas (0.2$ par échantillon), une large bibliothèque de souches.