​De la bouche à l’anus, le système gastro-intestinal est l’un des écosystèmes les plus étudiés. La connaissance de sa composition microbienne passe notamment par l’extraction et le séquençage de l’ADN des micro-organismes qui l’habitent. Entre prélèvement de l’échantillon et analyse informatique, des chercheurs de l’Inra et du CEA (Institut François Jacob/Génoscope) et leurs partenaires, ont étudié l’impact de la méthode d’extraction de l‘ADN sur la composition microbienne d’échantillons de selles humaines.

Les chercheurs ont mis en évidence que, si toutes les étapes d’analyse des échantillons sont critiques, l’extraction de l’ADN est la plus susceptible d’en affecter les résultats.Sur 366 espèces bactériennes testées, 90 (25 %) sont affectées par le protocole d’extraction et peuvent être sous-représentées. La majorité d’entre elles sont des bactéries à Gram positif (lesquelles représentent quelque 37 % des bactéries du microbiote) dont la paroi résiste plus aux forces mécaniques mobilisées lors de l’extraction.

Les scientifiques proposent aujourd'hui un protocole standard de traitement des échantillons de selles humaines, de l’échantillonnage à l’analyse bioinformatique en passant par l’extraction et le séquençage de l’ADN.

Ces travaux ont fait l'objet d'un communiqué de presse.