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Thèmes de recherches

Outils bioinformatiques


​Pour mener à bien nos travaux des outils bioinformatiques sont développés au LEMiRE pour l'analyse de métadonnées, des études in silico, l'exploration de génomes et la création de bases de données de régulateurs.

Publié le 25 mai 2016

 

  • Bases de données : Les changements rapides des conditions physico-chimiques de l’environnement des bactéries requièrent un ajustement de leur physiologie pouvant impliquer une modulation de l’expression de leurs gènes. Ces réponses adaptatives découlent essentiellement de la perception de signaux dans l’environnement externe de la bactérie par des senseurs et qui se traduit par l’activation de l’expression ou de la traduction des gènes requis pour surmonter le stress rencontré. Cette régulation se fait essentiellement par des facteurs transcriptionnels ou des systèmes à deux composants. Deux bases de données ont été développées au LEMiRE P2CS (http://www.p2cs.org) et P2TF (http://www.p2tf.org), ainsi qu’un serveur web dédié à la prédiction des protéines de régulation chez les procaryotes (http://www.p2rp.org).
  • Pipeline pour l’analyse de données NGS : Les recherches menées au sein du LEMiRE ont pour objectif de mieux comprendre et optimiser l'exploration des écosystèmes microbiens. Une des approches utilisées est le séquençage à haut-débit de nouvelle génération (NGS) pour l’étude du microbiome de différents environnements. L’analyse de données générées a nécessité la mise en place d’un pipeline reposant sur le logiciel QIIME, le langage de programmation et outils statistiques de l’environnement R, ainsi que des applications PHP développées au laboratoire.
  • GenoBrowser pour l’exploration de nouveaux génomes : Le nombre de nouveaux génomes bactériens séquencés a remarquablement augmenté ces dernières années, ce qui a nécessité la mise en place d’outils conviviaux pour l’exploration de ces génomes. GenoBrowser, est une plateforme bioinformatique développée au laboratoire dans cet objectif. C’est un système de base de données et un serveur web dédiés à l’annotation et à l’analyse comparative de l’ensemble des génomes bactériens disponibles. L’architecture modulaire de GenoBrowser permet également l’intégration de données issues de technologies de type OMICS (transcriptomique, protéomique et métabolomique)
 

Bibliograp​hie


  • Ortet P, Whitworth DE, Santaella C, Achouak W and Barakat M (2015) P2CS: Updates of the prokaryotic two-component systems database Nucleic Acids Res. 43(Database issue):D536-41. 
  • Bougdour A, Durandau E, Brenier-Pinchart MP, Ortet P, Barakat M, Kieffer S, Curt-Varesano A, Curt-Bertini RL, Bastien O, Coute Y, Pelloux H, Hakimi MA. (2013) Host cell subversion by Toxoplasma GRA16, an exported dense granule protein that  targets the host cell nucleus and alters gene expression. Cell Host Microbe. 13: 489-500. doi: 10.1016/j.chom.2013.03.002.
  • Barakat M, Ortet P, Whitworth DE (2013) P2RP: a Web-based framework for the identification and analysis of regulatory proteins in prokaryotic genomes. BMC Genomics. 2013 Apr 20;14:269. doi: 10.1186/1471-2164-14-269.
  • Arsène-Ploetze F, Koechler S, Marchal M, Coppee JY, Chandler M, Bonnefoy V, Barakat M, Barbe V, Battaglia-Brunet F, Brochier-Armanet C, Bruneel O, Bryan CG, Cleiss J, Heinrich-Salmeron A, Hommais F, Joulian C, Krin E, Lieutaud A, Lièvremont D, Michel C, Muller D, Ortet P, Proux C, Patricia Siguier P, David D, Slyemi D, Talla E, Weiss S, Weissenbach J, Médigue C, Bertin PN. (2010) Structure, function and evolution of Thiomonas spp. inferred from genome sequencing and comparative genomic analysis. PloS Genet 6(2): e1000859.
  • Baudet M, Ortet P, Gaillard JC, Fernandez B, Guerin P, Enjalbal C, Subra G, de Groot A, Barakat M, Dedieu A, Armengaud J (2010) Proteomic-based refinement of Deinococcus deserti genome annotation reveals an unwonted use of non-canonical translation initiation codons. Mol Cell Prot 9:415-26
  • de Groot A., Dulermo R., Ortet P., Blanchard L., Guérin P., Fernandez B., Vacherie B., Dossat C., Jolivet E., Siguier, P. Chandler M., Barakat M., Dedieu A., Barbe V., Heulin T., Sommer S., Achouak W. & Armengaud J. (2009). Alliance of proteomics and genomics to unravel the specificities of Sahara bacterium Deinococcus deserti. Plos Genetics 5: e1000434.
  • Ortet P, Barakat M, Lalaouna D, Fochesato S, Barbe v, Vacherie B, Santaella C, Heulin T, Achouak W (2011) Complete genome sequence of a beneficial plant root-associated bacterium, Pseudomonas brassicacearum. . J Bacteriol. 93(12):3146.
  • De Luca G, Barakat M, Ortet P, Fochesato S, Jourlin-Castelli C, Ansaldi M, Py B, Fichant G, Coutinho PM, Voulhoux R, Bastien O, Marechal E, Henrissat B, Quentin Y, Noirot P, Filloux A, Mejean V, Dubow MS, Barras F, Barbe V, Weissenbach J, Mihalcescu I, Vermeglio A, Achouak W, Heulin T. (2011) The Cyst-Dividing Bacterium Ramlibacter tataouinensis TTB310 Genome Reveals a Well-Stocked Toolbox for Adaptation to a Desert Environment. PLoS One. 2011;6(9):e23784.
  • Sautel C. F., Ortet  P., Saksouk N., Kieffer S., Garin J., Bastien O. and  M-A Hakimi. The histone methylase KMTox interacts with 1 the redox-sensor  peroxiredoxin-1 and targets genes involved in Toxoplasma gondii antioxidant defenses. Mol. Microbiol
  • Muller D, Medigue C, Koechler S, Barbe V, Barakat M, Talla E, Bonnefoy V, Krin E, Arsene-Ploetze F, Carapito C, Chandler M, Cournoyer B, Cruveiller S, Dossat C, Duval S, Heymann M, Leize E, Lieutaud A, Lievremont D, Makita Y, Mangenot S, Nitschke W, Ortet P, Perdrial N, Schoepp B, Siguier P, Simeonova DD, Rouy Z, Segurens B, Turlin E, Vallenet D, Dorsselaer AV, Weiss S, Weissenbach J, Lett MC, Danchin A, Bertin PN. (2007) A Tale of Two Oxidation States: Bacterial Colonization of Arsenic-Rich Environments. PLoS Genet. 3(4):e53.