Responsable : Jean-François Deleuze
Courriel : deleuze
cnrgh.fr
Le Laboratoire de Développement (LD) du CNRGH a deux objectifs majeurs : la production de données et le développement technologique.
Production de données
Le Laboratoire de Développement mène à bien des projets de séquençage d'ADN ou ARN et d'expression (microarray et PCR temps réel) dont le nombre d'échantillons est restreint (de quelques unités à quelques centaines). Les projets nécessitant de traiter un grand nombre d'échantillons sont pris en charge par le Laboratoire de Production.
| Le laboratoire a développé une expertise en séquençage, génotypage et pour l'étude de l'expression des gènes (transcriptomique). Les analyses sont réalisées tant à l'échelle du génome/transcriptome entier qu'au niveau d'approches ciblées (SNP, gène, transcript). Citons parmi les technologies disponibles : WGS (Whole Genome Sequencing) et WES (Whole Exome Sequencing) par capture ou séquençage d'amplicon, le séquençage ciblé (d'un à plusieurs gènes), l'étude des SNP par TaqMan et Sequenom, et également la PCR en temps réel, la digitale PCR, les puces à ADN (microarray) pour l'étude d'expression, le RNAseq, pour l'étude des différentes populations de RNA (mRNA, lncRNA, miRNA, etc…). |
Séquençage ciblé
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Le laboratoire dispose pour cela de l'ensemble des solutions techniques en termes de robotique (Robot Agilent, Robot Perkin Elmer, TAP), de séquenceurs (NextSeq500, MiSeq, Proton, PGM, MinION Nanopore) et autres instruments (iScan, MxPro, nanodrop, bioanalyseur, etc…).
Il s'appuie sur l'expertise du laboratoire Banques ADN/ARN du CNRGH pour l'extraction, le Contrôle de Qualité et la conservation des échantillons biologiques.
Les données générées sont analysées en interne en collaboration avec le Laboratoire de Bio-Informatique et l'équipe de Contrôle Qualité du CNRGH.
Développements technologiques
Par ailleurs, le laboratoire a pour mission de tester les nouvelles méthodes d'analyse de l'ADN et l'ARN, et réalise une veille technologique active en relation avec les différents acteurs du domaine du séquençage.
Les nouvelles approches de séquençage, les nouveaux séquenceurs et les nouvelles solutions pour le WES et la capture ciblée, sont testées ; il en est de même pour les nouveaux protocoles avec une orientation vers les faibles quantités et les optimisations pour du matériel de départ dégradé, ADN ou ARN.
Projets / Partenariats
Le LD travaille sur des projets en collaboration avec des partenaires français, européens et internationaux dans différents domaines : neuro-dégénérescence, cancers, maladies rares, maladies inflammatoires, diverses pathologies humaines, modèles murins de pathologies humaines,…