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Laboratoire

Génomique et Biochimie du Métabolisme

Caractérisation de métabolites orphelins et de leurs voies de biosynthèse


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Publié le 7 décembre 2018

Malgré l'accumulation de millions de protéines dans les bases de données, la proportion de celles associées, de façon fiable, à une fonction reste faible. Au laboratoire nous avons abordé le problème de l'assignation expérimentale de fonctions, à un débit permettant de répondre, au moins partiellement à leur augmentation toujours croissante dans les bases de données (Bastard K. et al Nat Chem Biol 2014). Les métabolites étudiés ne sont présents ni dans les bases de données chimiques, ni dans les bases de données métaboliques ou ne sont pas reliés à la connaissance actuelle du métabolisme.

Nous développons actuellement une nouvelle stratégie basée sur l'exploitation de ressources biologiques existantes chez Acinetobacter Baylyi ADP1 (banque complète de mutants de délétion (de Berardinis, V. et al, 2008) ;  orféome ..) et des avancées récentes du laboratoire dans l'étude du métabolome. Cette étude prend sa source dans un travail de thèse précèdent où nous avons étudié les modifications du contenu en métabolites intracellulaires, en réponse à un changement de conditions de culture. Nous avons ainsi découvert une cinquantaine de « métabolites nouveaux » ou « non reliés » à notre connaissance actuelle du métabolisme d'ADP1 (Stuani L. et al 2014) qui représentent des points d'entrée dans la partie encore obscure du métabolisme bactérien. Pour découvrir les gènes et les métabolites impliqués dans ces nouvelles voies métaboliques, nous utilisons les ressources biologiques déjà développées par le laboratoire sur la bactérie Acinetobacter Baylyi ADP1, ainsi que nos compétences en génomique, biochimie et chimie analytique, en particulier au travers de la métabolomique.

 Spectromètre de masse (Orbitrap Elite, Thermo Fischer) couplé à une chaine HPLC (Dionnex Ultimate 3000)