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TARA : journal de bord n°4


Julie Poulain a pris le relais de Valérie Barbe à bord de la goélette TARA. Cette chercheuse du CEA-IG n’a pas le même objectif que sa collègue. Voici ses explications.

Published on 4 January 2017

​« Quel plaisir de prendre le relais de Valérie ! Pour ma part, je m’embarque avec une mission d’utiliser le premier séquenceur "de poche" sur le bateau, au plus proche du site d'échantillonnage. Il s'agit du "MinIon", séquenceur de petite taille (≈10 × 4 × 2 cm, 75 g) que l'on branche simplement à l'aide d'un port USB à un ordinateur. Cette technologie, développée par la compagnie Oxford Nanopore, nous paraît très prometteuse pour les études environnementales, en nous donnant la possibilité d'obtenir des données rapidement sur le terrain.

Les premières manipulations sur le bateau consistent à m'assurer que le protocole d'extraction d'ADN que j'ai mis en place ces dernières semaines au Genoscope, en utilisant un minimum de matériel, se déroule correctement dans ces nouvelles conditions de travail. Puis, je lancerai un essai pour veiller au bon déroulement des opérations de séquençage d'une part, et de l'analyse des données d'autre part. L'analyse des données consistera à réaliser une assignation taxonomique des séquences produites, à savoir une classification par familles ou espèces. C'est grâce au travail de Stefan Engelen, Ingénieur en bio-informatique à Genoscope, que je pourrais lancer des scripts de mapping et d'assignation, simples d'utilisation. »


Pour en savoir plus sur le séquenceur MinIon : Un séquenceur (presque) de poche

A propos la nouvelle mission de TARA : Les récifs coralliens regorgent d’une biodiversité foisonnante encore méconnue des scientifiques. La goélette Tara s’est donnée pour nouvelle mission d’enquêter. Cela se fera à plusieurs échelles, du gène à l’écosystème. Comme pour les expéditions précédentes, le CEA-IG se chargera des analyses génomiques.



Julie Poulain mettant en place le protocole de séquence à bord de Tara. (c) Fondation Tara Expéditions


Au premier plan, séquenceur MinIon. Derrière, l'ordinateur effectuant l'analyse des données. (c) Fondation Tara Expéditions

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