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Laboratoire

Analyses Bio-Informatiques pour la Génomique et le Métabolisme

Activités du laboratoire


Publié le 8 juin 2020
The laboratory's operations

​Le LABGeM est un groupe de bio-informatique qui s'intéresse à l'analyse génomique comparative et au métabolisme d'organismes procaryotes. Les principaux axes de recherche développés au LABGeM sont la (meta)génomique bactérienne (statistique appliquée aux données génomiques, dynamique et évolution des génomes bactériens, analyse des gènes de fonction inconnue), et le métabolisme bactérien (prédiction, curation et comparaison de réseaux métaboliques, recherche de gènes candidats pour des activités enzymatiques "orphelines" de séquence).

Afin de mener à bien ces analyses, une plateforme d'annotation et d'analyses comparatives de génomes procaryotes a été développée : la plateforme MicroScope. Cette infrastructure informatique intègre des données (génomes, annotations automatiques et expertes, résultats d'analyses et données expérimentales), et des interfaces graphiques Web permettant d'explorer ces données et d'utiliser les outils méthodologiques régulièrement intégrés à la plateforme. Le LABGeM a donc aussi une activité de développements (bio)informatiques importante pour l'annotation structurale, fonctionnelle et relationnelle des génomes, l'analyse des données NGS concernant les applications de (re)séquençage (détection de variants), et l'analyse de données de transcriptomique (RNA-Seq), la conception de modèles de bases de données génomiques et métaboliques, et la mise en place de serveurs WEB permettant d'accéder aux méthodes et aux bases de données.

Depuis Janvier 2012 les activités de service et de Recherche & Développement du LABGeM sont certifiées ISO 9001:2008. MicroScope est une plateforme labellisée IBiSA (Infrastructures en Biologie Santé et Agronomie) qui appartient aux grandes infrastructures nationales France Génomique et l'Institut Français de Bioinformatique.