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Laboratoire

Analyses Bio-Informatiques pour la Génomique et le Métabolisme

Projets et contrats en cours


Publié le 8 juin 2020
Ongoing projects and contracts

SESAM : Echange des signaux symbiotiques : analyse des mécanismes moléculaires les symbiotiques fixatrices d'azote Nod-indépendantes (ANR Blanc 2011-2014)

Rôle : Partenaire, et responsable du WP bioinformatique (coordinateur : C. Branger, INSERM U722, Paris)


SYNBIOWATCH: development of a Web Application for Visualization of High Throughput Sequencing Infectious Metagenomic Data (NRBC programme transversal du CEA 2011-2014)

Rôle : Responsable du projet
Partenaires : Marc Eloit, Institut Pasteur – Stéphane Gazut, CEA/DRT/LIST


REPLICOLSCOPE: Contribution du séquencage des plasmides portant les β-lactamases à spectre étendu chez Escherichia coli à la compréhension de leur émergence actuelle (ANR GENOM 2011-2014)

Rôle : Partenaire, et responsable du WP bioinformatique (coordinateur : C. Branger, INSERM U722, Paris)


VIBRIOGEN: Les vibrios pathogènes d'invertébrés marins: un nouveau regard sur la virulence et les reservoirs de gènes permettant l'adaptation à la niche écologique (ANR Blanc 2011-2015)

Rôle : Partenaire, et responsable du WP bioinformatique (coordinateur : F. Le Roux, CNRS-UPMC and Ifremer, Station Biologique de Roscoff)


SHAPE: Design de nouveaux rhizobia par évolution expérimentale: vers une compréhension de l'adaptation des bactéries à l'environnement plante (ANR BioAdapt 2012-2016)

Rôle : Partenaire, et responsable du WP bioinformatique (coordinateur : F. Le Roux, CNRS-UPMC and Ifremer, Station Biologique de Roscoff)


BugInACell: Accommodation intracellulaire des bactéries symbiotiques fixatrices d'azote (ANR Blanc 013-2017)

Rôle : Partenaire, et responsable du WP bioinformatique (coordinateur : P. Mergaert CNRS, ISV, Gif/Yvette)


BLUE ENZYMES: Découverte de nouvelles enzymes pour la valorisation de la biomasse algale (ANR "Sécurité alimentaire et défi démographique" 2014-2018)

Rôle : Partenaire, et responsable du WP bioinformatique (coordinateur : G. Michel UMR8227, Station Biologique de Roscoff)


France Génomique (FG) - Développements méthodologiques pour le workpackage 2.7.2 de FG: annotation et analyse de métagénomes (2012-2016)

Rôle : Responsable des développements – discussion avec les plateformes bioinformatiques membres du WP2.7.2 de FG


Institut Français de Bioinformatique (IFB) – Développements méthodologiques pour la thématique "Microbial bioinformatics" de l'IFB (2013-2016)

Rôle : Responsable des développements – discussion avec les plateformes bioinformatiques partenaires du thème "Microbial bioinformatics" de l'IFB et l'IFB-core


MOPAD : Micro-Organisms Pour une Agriculture Durable (projet BPI en partenariat avec LIMAGRAIN & BIOVITIS Sept. 2014-2017)

Rôle : Partenaire et responsable des WPs bioinformatique (coordinateur : Damien Grizard, Biovitis)


Contrat avec DANONE RESEARCH (depuis 2010) – mise en place et maintenance d'une instance MicroScope dédiée à l'analyse de génomes d'intérêt pour Danone Research.