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   Microbiotes ScienceLoop - Clara va voir... Cindy, doctorante en immunologie

Publié le 28 janvier 2022
Retranscription
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Salut, c’est Clara. Maintenant que vous avez bien les bails sur le microbiote, on peut aller rencontrer Cindy.

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Je suis Cindy Adapen, je viens tout juste d’obtenir mon doctorat en immunologie.

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00:00:15,480 --> 00:00:23,960
Ici on est dans le bâtiment Idmit, qui regroupe de nombreux chercheurs qui vont étudier de la réponse immunitaire après un vaccin ou après une infection.

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Qu'est-ce que tu as fait comme études ? 

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00:00:25,040 --> 00:00:25,080
Au lycée, ce qui m’intéressait plus à cette époque c’était la physique chimie.

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00:00:25,080 --> 00:00:28,600
Au lycée, ce qui m’intéressait plus à cette époque c’était la physique chimie.

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00:00:28,720 --> 00:00:33,720
et en fait je me suis rendu compte au cours de la Terminale que je préférai finalement la biologie. 

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00:00:33,720 --> 00:00:40,800
Je ne savais pas vraiment ce que je voulais faire comme carrière, mais tout ce que je savais, c’est que je voulais étudier le corps humain et comment ça fonctionne.

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J’ai fait une licence en sciences biomédicales à l’Université Paris Descartes.

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00:00:44,520 --> 00:00:45,680
J’ai découvert l’immunologie

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00:00:45,720 --> 00:00:49,280
C’est à partir de là que je me suis rendue compte que je voulais faire de la recherche dans ce domaine.

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00:00:51,080 --> 00:00:54,560
Ma thèse s’intéresse principalement au rôle du microbiote vaginal

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00:00:54,560 --> 00:00:58,880
et moi ce qui m’intéresse c’est vraiment le rôle du microbiote sur l’inflammation locale

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00:00:58,880 --> 00:01:02,120
et sur le risque d’acquisition d’infections sexuellement transmissibles. 

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00:01:02,120 --> 00:01:03,920
Est-ce que tu peux nous présenter une journée type ?

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00:01:03,920 --> 00:01:05,640
En recherche il y a très peu de journées type.

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00:01:05,640 --> 00:01:13,960
En général, je commence par aller au laboratoire, une matinée au laboratoire et après je finis par faire des analyses sur ordinateur dans mon bureau.

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00:01:16,280 --> 00:01:26,080
Pour rentrer, il faut que j’ai une double paire de gants, une charlotte, des surlunettes ou des lunettes de protection de labo, des surchausses et une blouse.

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Donc là on est entrés dans le laboratoire de catégorie L2. 

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00:01:30,000 --> 00:01:34,120
Je vais vous montrer ce qu’est un écouvillon vaginal.

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00:01:34,120 --> 00:01:39,360
Il y a le coton tige et le liquide qui va permettre la conservation des bactéries. 

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00:01:39,360 --> 00:01:45,400
Tout ce qui est manipulation dans un laboratoire de L2 se fait sous un PSM.

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00:01:45,400 --> 00:01:50,160
On passe l’écouvillon au niveau vaginal et après on le met dans le liquide.

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00:01:50,160 --> 00:01:54,600
Le liquide est vortexé pour bien mélanger toutes les bactéries.

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00:01:54,600 --> 00:01:58,840
On divise le milieu qui contient 1 ml en plus petites quantités. 

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00:02:01,640 --> 00:02:07,920
à, on va entrer dans un laboratoire de catégorie L1 ; il faut que l’on ait une blouse, soit en tissu soit en papier

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00:02:08,680 --> 00:02:14,240
Ça c’est une hotte chimique. Sous ces hottes-là, on va extraire l’ADN ou l’ARN.

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On va faire plusieurs étapes de centrifugation. 

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00:02:19,520 --> 00:02:26,520
Une fois toutes les étapes passées, c’est une dizaine d’étapes pour extraire l’ADN, on va récupérer un tout petit volume en fait.

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00:02:26,520 --> 00:02:32,400
Donc maintenant qu’on a extrait l’ADN du microbiote vaginal, on va amplifier spécifiquement l’ADN bactérien.

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00:02:33,920 --> 00:02:38,520
une fois que l’ADN est extrait et amplifié, on le dépose sur des puces

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00:02:38,520 --> 00:02:45,160
qui vont ensuite nous permettre de séquencer cet ADN et déterminer exactement quel type de bactérie est présent dans le microbiote. 

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00:02:48,240 --> 00:02:53,280
Donc en fait là c’est la caractérisation du microbiote vaginal chez notre modèle pré-clinique. 

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00:02:53,280 --> 00:02:57,360
Lorsque l’on étudie la composition au cours du temps, on se rend compte qu’il y a des variations. 

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00:02:57,360 --> 00:03:03,120
Il y a des bactéries qui vont diminuer et d’autres qui vont augmenter ; et en fait ces variations elles sont dues au cycle menstruel. 

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00:03:03,120 --> 00:03:05,680
Donc ça c’est une première partie de mon projet de thèse. 

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00:03:05,680 --> 00:03:10,600
Et la seconde partie, ça a été de perturber en fait la composition du microbiote vaginal

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et ensuite d’étudier l’effet que ça peut avoir sur les affections sexuellement transmissibles.

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00:03:15,280 --> 00:03:21,360
Ce que l’on a découvert, c’est qu’en fonction de la composition du microbiote vaginal, on va avoir un effet sur l’inflammation. 

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00:03:21,360 --> 00:03:27,360
Par exemple, la femme qui a un microbiote dit « sain » qui va être prédominant avec un genre de bactéries, les lactobacilles

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00:03:27,640 --> 00:03:31,480
et ces lactobacilles vont induire un environnement qui va être très peu inflammatoire.

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00:03:31,480 --> 00:03:38,160
Par contre, un microbiote qui va être très divers et très pauvre en lactobacilles va être plus inflammatoire au niveau local 

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00:03:38,160 --> 00:03:41,440
et va augmenter le risque d’acquisition d’infections sexuellement transmissibles. 

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00:03:41,440 --> 00:03:43,160
Est-ce que tu pourrais nous raconter une anecdote ?

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00:03:43,240 --> 00:03:47,440
Quand j’ai postulé ici au CEA, en fait, c’était pour un projet complètement différent 

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00:03:47,440 --> 00:03:52,960
et au final, on n’a pas eu le financement et c’est à cause de ça qu’on a développé le projet microbiote.

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00:03:52,960 --> 00:03:56,840
Et au final, je suis super heureuse d’avoir travaillé sur le microbiote, ça m’intéresse encore plus.

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00:03:56,840 --> 00:03:59,320
C’est un travail pas tellement solitaire en fait

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00:03:59,320 --> 00:04:03,480
c’est vrai qu’on a nos propres projets, nos propres manipulations et on fait nos analyses, 

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00:04:03,480 --> 00:04:07,800
mais c’est vraiment un groupe parce qu’on va avoir souvent besoin d’aide d’autres personnes de l’équipe

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00:04:07,800 --> 00:04:13,800
et au sein d’Idmit, ce qui est bien, c’est qu’on a vraiment énormément de monde avec des spécialités totalement différentes

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00:04:13,800 --> 00:04:17,720
et donc c’est très facile d’interagir et de demander de l’aide 

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00:04:20,040 --> 00:04:26,560
J’aimerai bien développer un médicament ou un probiotique qui pourrait en fait moduler l’inflammation au niveau vaginal

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00:04:26,560 --> 00:04:30,200
et réduire le risque d’acquisition d’infections sexuellement transmissibles.

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00:04:30,240 --> 00:04:32,000
Ce serait quelque chose de super intéressant à faire. 
				
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