Pour comprendre comment les neurones se développent, se connectent ou réagissent à des traitements, les chercheurs mesurent la longueur de leurs prolongements, les neurites. Une tâche essentielle… mais encore souvent réalisée à la main, image par image. Cette étape lente limite fortement les études à grande échelle pourtant indispensables aujourd’hui. CABaNe apporte une solution simple et gratuite qui automatise totalement cette mesure, rendant ces analyses enfin accessibles à tous les laboratoires.
CABaNe analyse automatiquement les images de neurones en reconnaissant les noyaux, le corps cellulaire et surtout les neurites, qu’il mesure sans intervention humaine. L’outil fonctionne sur n’importe quel ordinateur équipé d’ImageJ, sans expertise technique. Face aux mesures manuelles et à certaines approches de machine learning, il s’avère bien plus rapide tout en restant très précis. CABaNe démocratise ainsi l’analyse à haut débit des neurones et permet de traiter en quelques minutes des données auparavant difficiles à exploiter.
Exemple d’image de neurones différenciés. CABaNe segmente automatiquement les noyaux, les corps cellulaires et les neurites, montrant comment l’outil reconnaît et mesure les prolongements neuronaux sans intervention humaine.
CABaNe simplifie et accélère l’analyse cellulaire en rendant le haut débit accessible et fiable. Il servira de base à de futurs outils et à l’étude d’autres types de cellules ou paramètres.
Financements
- Pfizer – Inserm (bourse de doctorat N. Thibieroz)
- GRAL – Graduate School CBH-EUR-GS (ANR-17-EURE-0003)
- ANR GlyCON (ANR-19-CE13-0031-01 PRCI)
- Programme “Investissements d’Avenir” Glyco@Alps (ANR-15-IDEX-02)
Collaboration
Bordeaux Imaging Center, CNRS, Bordeaux, France