La neige est peuplée d'organismes unicellulaires dont très peu d'espèces ont été décrites, et aucun génome caractérisé. Au dessus de la limite de l'habitat des arbres, les formes pionnières sont des microalgues photosynthétiques, dont certaines peuvent devenir dominantes, accumulant des caroténoïdes et colorant la neige en rouge. Dans le cadre du programme Alpalga​ des collectes effectuées par les laboratoires proposant ce projet, dans la Zone Atelier Alpes réalisées de 2017 à 2022 ont permis d'isoler des espèces différentes : 4 génomes d'algues cultivables ont été séquencés, 1 génome d'algue non cultivable est en cours de séquençage à partir de données métagénomiques et 1 champignon unicellulaire des neiges est aussi en cours de séquençage. Le projet de thèse vise donc la première caractérisation génomique de microorganismes eucaryotes peuplant la neige, aux niveaux moléculaires, cellulaires (génomique fonctionnelle), et des des populations afin de déchiffrer les mécanismes génomiques et éco-physiologiques permettant de 'vivre dans la neige'.
Le projet reposera sur une expertise importante de l'étudiant.e en bioinformatique/analyse de génomes (annotation, comparaison de génomes, métagénomique), nécessitant un accès à des données de génomique originales en grande partie déjà disponibles. Le projet combine donc une part à faible risque, voire sans risque, d'annotation et de génomique comparative. Pour le deuxième volet, le risque sera maitrisé en se focalisant sur un nombre raisonnable d'espèces, caractéristiques des environnements explorés.​

Title: Snow algae genomics: from genomes to cells and populations

Abstract​​
Snow is populated by unicellular organisms of which very few species have been described, and no genome characterized. Above the tree line, the pioneer forms are photosynthetic microalgae, some of which can become dominant, accumulating carotenoids and coloring the snow red. As part of the Alpalga program collections carried out by the laboratories proposing this project, in the Zone Atelier Alpes carried out from 2017 to 2022, made it possible to isolate different species: 4 genomes of culturable algae have been sequenced, 1 non-culturable algal genome is being sequenced from metagenomic data and 1 unicellular snow fungus is also being sequenced. The thesis project therefore aims for the first genomic characterization of eukaryotic microorganisms populating the snow, at the molecular, cellular (functional genomics), and population levels in order to decipher the genomic and eco-physiological mechanisms allowing 'living in the snow'.
The project will be based on the student's significant expertise in bioinformatics/genome analysis (annotation, genome comparison, metagenomics), requiring access to original genomic data that is largely already available. The project therefore combines a low-risk, or even no-risk, part of annotation and comparative genomics. For the second part, the risk will be controlled by focusing on a reasonable number of species, characteristic of the environments explored.

Direction / Supervision​
Eric Marechal
​Eric Coissac