Le décret crée dans chaque département deux structures dénommées « mission inter-services de l'eau et de la nature » (MISEN) et « comité de lutte contre la délinquance environnementale » (COLDEN) ayant pour objet de coordonner les actions menées en matière de politique de l'eau, de la nature et de lutte contre les atteintes à l'environnement.
Placée sous la présidence du préfet de département, la MISEN détermine les priorités en matière de politique de l'eau, des milieux aquatiques et de la nature et organise l'action des services et établissements publics en conséquence.
La coordination de l'action judiciaire avec l'action administrative ainsi que des réponses administratives et pénales qui sont apportées aux atteintes à l'environnement est assurée par le COLDEN qui est présidé par le ou les procureurs de la République compétents.