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Laboratoire

Plateformes de production en génomique humaine (L2PGH)

Séquençage


Responsable : Doris Lechner
Courriel : lechn​er[at]cng.fr

Publié le 2 décembre 2019
Sequencing

La plate-forme de séquençage à haut débit utilise la technologie de séquençage par synthèse d'Illumina. Equipé de machines de dernière génération qui apportent une grande polyvalence à la plateforme, le laboratoire exploite un système X Five constitué de 5 Hiseq X et consacré au séquençage du génome entier, 1 Hiseq 4000, 11 HiSeq 2500/2000 et 1 MiSeq . Six techniciens assurent la production 24h / 7 jours par semaine. 

Nos projets de séquençage sont axés sur le séquençage du génome entier, le re-séquençage ciblé, le séquençage des facteurs régulation des gènes et épigénétiques (RNASeq, RNASeq directionnel, ChIPSeq, MeDIP, BiSeq, petit ARN). La plateforme participe à la recherche des facteurs génétiques et épigénétiques de maladies complexes, cancers et maladies rares. Elle est aussi largement ouverte à la communauté scientifique et partenaire du réseau national France Génomique..

​Le laboratoire a développé son propre LIMS (Laboratory Information Management System) nécessaire au suivi d'un nombre élevé d'échantillons. Le logiciel permet l'automatisation du procédé expérimental et le contrôle qualité de la préparation des échantillons jusqu'aux analyses des séquences générées.

 Suivi réactif avec le LIMS

Laboratoire « PRE-PCR »

​Laboratoire « POST-PCR »

La plate-forme de séquençage est séparée en zones dédiées PRE et POST-PCR. Pour la plupart des applications, la préparation des échantillons est automatisée (2 robots Sciclone NGSx et 1 Bravo Workstation). Dans le laboratoire post-PCR, les échantillons sont hybridés sur la Flowcell (support en verre pour la réaction de séquençage).

Stations cBot de clusterisation

​Etape de clusterisation  
d'une FC 2500

La station cBot permet la préparation d'une Flowcell en quatre heures. Grâce à l'automatisation, elle peut fonctionner pendant la nuit et augmenter ainsi la production.

Les HiSeq peuvent traiter deux Flowcells de façon indépendante permettant d'utiliser différents types d'applications de séquençage en parallèle. Les Hiseq X et 4000 produisent plus de 1,5 TB de données 3 jours. Le Hiseq 2500 peut être utilisé en mode « haute production » pendant 12 jours ou avec la fonction « rapide »​​ ​pour une acquisition des données sur moins de 48 heures. 

 

 

 

 

 

 

Acquisition des données de séquençage « par synthèse »​​

 Parc d'automates avec des séquenceurs de dernière 
génération, le système X Five d'Illumina

Les opérateurs hautement qualifiés contrôlent régulièrement la performance des automates et la qualité du séquençage en collaboration avec l'équipe « contrôle qualité ».​