La connaissance de la descendance des cellules souches et de leurs progéniteurs à l'échelle clonale est un outil précieux pour les analyses de lignage de populations d'intérêt. Ces analyses clonales sont importantes pour plusieurs domaines de la biologie et peuvent aider à la mise au point de nouveaux traitements.

Nous étudions plus spécifiquement le lignage des lymphocytes T dans le but de comprendre ses interrelations avec les autres lignées de la moelle osseuse et celles générées dans le thymus. Pour cela, nous utilisons une stratégie innovante de marquage cellulaire à l'aide de codes-barres moléculaires que nous avons développés récemment (Grosselin et al. Stem Cells 10:2162-7, 2013). L'originalité et la puissance de cette méthode est de suivre simultanément in vivo, après transplantation, les cellules dérivées d'un progéniteur/souche marquées par des petites séquences nucléotidiques (codes-barres). Le séquençage à haut débit de nouvelle génération permet ensuite l'identification et la quantification précise de chaque code-barres présent dans les populations cellulaires spécifiques. Nous avons appliqué cette stratégie à l'étude de l'hétérogénéité des cellules souches hématopoïétiques qui est actuellement mise au point pour répondre à un certain nombre des questions sur la lymphopoïèse T, restées en suspens en l'absence d'outils performants.

Ce projet est réalisé en étroite collaboration avec le groupe du Dr. Sophie Ezine (INEM UMR-S1151) et l'Institut de Génomique, CEA-Evry et soutenu par la Fondation de la Recherche Médicale et le Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives.

La stratégie de marquage par les codes-barres sera aussi appliquée i) à l'analyse de la clonalité de populations rares, ii) à des populations non-hématopoïétiques et iii) au suivi des cellules tumorales.​

La molécule  HLA-G joue un rôle essentiel dans la tolérance fœto-maternelle, les greffes d'organes et dans l'échappement à l'immuno-surveillance des cellules tumorales. En effet, HLA-G exprimée par les cellules tumorales permet à ces dernières d'échapper à la destruction immunitaire par un ensemble de mécanismes de tolérance qui se mettent en place au cours du développement d'une tumeur, en particulier par l'inhibition de la fonction des cellules immunocompétentes infiltrantes, telles que les cellules NK, CTL et APC via l'interaction avec leurs récepteurs inhibiteurs de surface (i.e. ILT-2, ILT-4). Cependant, les processus moléculaires initiés par interaction de HLA-G avec son récepteur restent à être élucidés.

Dans ce contexte, notre recherche a pour objectif d'identifier des cibles moléculaires de HLA-G. Pour cela nous utilisons la molécule HLA-G recombinante (produite dans notre Service) et nous mesurons les variations du transcriptome (ARNs codants, ARNs non-codants et miRNA) induites par l'interaction de HLA-G avec son récepteur par des méthodes à haut débit.  Nous utilisons une lignée cellulaire de leucémie aiguë exprimant le récepteur ILT2 à leur surface, une lignée cellulaire dérivée d'une tumeur de rein à cellules claires et des biopsies tumorales. Les gènes identifiés comme différentiellement exprimés seront validés par des stratégies complémentaires pour établir leur pertinence biologique.

L'analyse des profils d'expression de gènes à l'aide de logiciels bio-informatiques spécifiques devrait permettre d'identifier les gènes et  voies métaboliques impliquées dans la suppression des réponses immunes en réponse à HLA-G, et d'identifier des cibles en vue d'optimiser les stratégies d'immunothérapie et de vaccination anti-tumorale. Ce projet est réalisé en étroite collaboration avec l'Unité translationnelle Immuno-Onco Urologique dirigée par le Prof. François Desgrandchamps.​