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Multilayer : un nouvel outil de digitalisation pour les tissus biologiques

Par Marco Mendoza - Laboratoire SysFate - Genoscope

Publié le 1 décembre 2022


L'équipe SysFate dirigée par Marco Mendoza (Genoscope / Institut de Biologie François Jacob / site d'Évry), s'intéresse à la formation de tissus et aux différents programmes d'expressions géniques responsables de leur organisation spatiale.

Dans ce but, cette équipe développe des technologies capables de saisir l'expression des gènes sur des sections de tissus, notamment grâce à des puces à ADN qui capturent l'ARN messager puis l'analysent par séquençage à haut débit. Ainsi, elle arrive à digitaliser l'information acquise à partir du tissu.

Ses outils informatiques comme le MULTILAYER1  traitent ensuite cette information : ce logiciel permet de révéler les sous-structures moléculaires des tissus, et d'explorer l'architecture des organes et des tissus sous l'angle des programmes génétiques impliqués dans leur complexité moléculaire.

Cet outil, en open access, permet la reconstitution d'images en 3D de la formation de tissus, pour une meilleure compréhension des mécanismes menant à leur formation.

Marco Mendoza, directeur de l'équipe de recherche SysFate au Genoscope, présente lors de sa conférence l'outil MULTILAYER, son développement, son fonctionnement et ses objectifs.

 

1 - Protocol for using MULTILAYER to reveal molecular tissue substructures from digitized spatial transcriptomes, STAR Protocols


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