L'étude se situe dans le contexte du projet OBEPINE+ : sélectionné et financé par le plan France 2030, dans le cadre de la stratégie nationale d'accélération maladies infectieuses émergentes (MIE) et menaces NRBC, le projet vise à construire une plateforme de recherche et développement en épidémiologie des eaux usées afin de construire une stratégie d'alerte précoce, et de suivi des maladies infectieuses. Dans ce cadre, les partenaires, dont le CNRGH, développent de nouvelles méthodes de détection, d'échantillonnage, de quantification, de séquençage et de modélisation permettant de surveiller dans les eaux usées les maladies infectieuses émergentes et pathogènes à haut risque.
L'analyse des eaux usées s'est en effet imposée comme un outil clé pour surveiller la circulation de virus comme le SARS-CoV-2 à l'échelle des populations. Cependant, les méthodes actuelles reposent principalement sur la détection de fragments d'ARN viral, sans renseigner sur leur intégrité, un paramètre pourtant essentiel pour l'efficacité du séquençage et l'interprétation correcte des données, notamment en lien avec l'infectiosité des particules virales présentes dans les échantillons environnementaux.
Dans ce contexte, les auteurs développent une approche innovante de RT-PCR digitale longs fragments (LR-RT-dPCR) permettant d'évaluer l'intégrité de l'ARN viral sur de longues portions du génome. Cette méthode repose sur une transcription inverse couvrant de longs fragments, suivie d'une amplification multiplexe ciblant différentes régions du génome, offrant ainsi une vision plus globale de l'état des ARN viraux.
Trois protocles de RT-PCR digitale sur 3 cibles différentes
@Authors / Elsevier
La méthode est validée sur deux modèles : le SARS-CoV-2 et des bactériophages ARN (FRNAPH-I), à la fois en conditions contrôlées et dans des échantillons d'eaux usées où ces deux espèces sont naturellement présentes. Elle montre une meilleure sensibilité et une détection homogène des différentes régions génomiques par rapport aux approches classiques.
Les résultats mettent en évidence une forte dégradation de l'ARN viral dans les eaux usées, avec une intégrité très faible pour les bactériophages et variable pour le SARS-CoV-2. Ils révèlent également que l'intégrité de l'ARN ne dépend pas uniquement de la longueur des fragments, mais aussi des caractéristiques intrinsèques des séquences, certaines régions du génome étant plus stables que d'autres.
Cette approche ouvre de nouvelles perspectives pour améliorer la surveillance environnementale des virus, affiner l'interprétation des données de séquençage et mieux appréhender les risques infectieux dans des matrices complexes.
Contact : Jean-François Deleuze