Le GENOSCOPE (Service de l’Institut de Génomique du CEA à Evry) et le CIRAD (Montpellier) ont réalisé le séquençage complet du génome du bananier. Avec une production annuelle supérieure à 100 millions de tonnes, la banane constitue une des principales denrées alimentaires pour l’homme. Elle est consommée sous pratiquement toutes les latitudes et longitudes de la planète. Sa culture est cependant confrontée à la forte pression des maladies et des ravageurs qui nécessite l’emploi massif de pesticides.
Le séquençage du génome du bananier s’inscrit dans le cadre du consortium international pour la génomique du bananier (Global Musa Genomics Consortium) (avec notamment la contribution de Bioversity International et du Generation Challenge Program pour les banques BACs, et de Plant Research International et de l’EMBRAPA pour les séquences d’extrémités de BACs).
Le bananier choisi (Musa acuminata, accession Pahang HD) représente l’espèce qui entre dans la composition des bananes dessert et des bananes à cuire ; son génome comporte 600 millions de paires de bases, réparties sur 11 chromosomes différents, présents chacun en deux exemplaires identiques (homozygotie).
L’opération de séquençage s’est étalée sur deux années et a abouti à l’établissement du catalogue des gènes contenus dans le bananier. L’utilisation conjointe de la toute nouvelle technologie de séquençage à très haut débit Titanium®, en complément de la méthode de séquençage traditionnelle, et l’homozygotie complète de la lignée de bananier créée par le CIRAD ont permis l’obtention d’une séquence finale de très haute qualité, garantie d’une identification très exhaustive des gènes contenus. Ce projet de séquençage constitue une première technologique, appliquée à un génome dont la taille fait plus de quatre fois celle de la première plante séquencée.
Les résultats sont déposés dans des banques de données publiques, accessibles à tous les chercheurs du secteur académique comme du secteur privé de l’agroalimentaire. Ils vont permettre des progrès importants et rapides dans la génétique du bananier et appuyer son amélioration pour le développement de nouvelles variétés à base génétique élargie conciliant productivité, qualité des fruits et résistance aux maladies et aux ravageurs. On vise ainsi une agriculture durable respectueuse de l’environnement grâce à la réduction des intrants nécessaires, en particulier les pesticides.
Séquençage :
Référence :
Angélique D’Hont, France Denoeud, Jean-Marc Aury, Franc-Christophe Baurens, Françoise Carreel, Olivier Garsmeur, Benjamin Noel, Stéphanie Bocs, Gaëtan Droc, Mathieu Rouard, Corinne Da Silva, Kamel Jabbari, Céline Cardi,Julie Poulain, Marlène Souquet, Karine Labadie, Cyril Jourda, Juliette Lengellé, Marguerite Rodier-Goud, Adriana Alberti, Maria Bernard, Margot Correa, Saravanaraj Ayyampalayam, Michael R. Mckain, Jim Leebens-Mack et al. "The banana (Musa acuminata) genome and the evolution of monocotyledonous plants". Nature 488, 213–217 (09 August 2012) | doi:10.1038/nature11241
