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Laboratoire


LES LABORATOIRES DU CNRGH

Bio-analyse (LBA)

Bioanalysis
Publié le 20 juin 2018

Responsable : Eric Bonnet
Courriel : eric.bonnetatcng.fr

Le laboratoire de Bio-analyse (computational genomics) du Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH) mène des projets de recherche innovants en bioinformatique appliquée à la génomique humaine soit en collaboration étroite avec des biologistes, soit sur des projets de recherche internes au laboratoire. Nous analysons les données de différentes approches de séquençage à haut-débit afin de répondre le plus précisément possible à une ou plusieurs questions biologiques bien définies. Les données génomiques analysées sont de type transcriptomique (RNA-seq), sites de fixation de facteurs de transcription (ChIP-seq), accessibilité de la chromatine (ATAC-seq), architecture 3D du génome (Hi-C), analyses de variants (SNVs, INDELs, variants structuraux) et méthylation (whole-genome bisulfite). Le laboratoire utilise une large palette d’outils bioinformatiques standards pour le traitement primaire des données de séquençage (tels que Bowtie2, BWA, la suite GATK, la suite Varscope, MACS, Bismark, HiC-Pro, les packages statistiques DESeq2, methylKit, MethPipe), mais développe aussi ses propres outils et pipelines d’analyse. Le laboratoire a aussi une forte expertise dans les outils d’inférence et d’analyse de réseaux biologiques (Lemon-Tree, CLR, bases de données KEGG et REACTOME). 


Collaborations :

  • Equipe Chromatine et Régulation de l’Expression des Gènes, CNRGH, Evry (Sophie Chantalat)
  • Laboratoire Epigénétique et Environnement, CNRGH, Evry(Jorg Töst)
  • Laboratoire de Bioinformatique, CNRGH, Evry (Vincent Meyer)
  • Equipe Maths et Statistiques, CNRGH, Evry (Edith Le Floch)
  • Laboratoire de Biologie à Grande Echelle, BIG, Grenoble (Christophe Battail)
  • U900 Cancer et Génome, Institut Curie, Paris (Nicolas Servant)
  • Systems Genomics, Roslin Institute, Edinburgh (Tom Michoel)