Contact : aptamer-MIRCen@cea.fr
La plateforme d'aptamères propose des méthodologies, équipements et expertises pour la sélection, la caractérisation et l'ingénierie d'aptamères ADN, ARN ou chimiquement modifiés, conçus pour résister aux nucléases et/ou améliorer leur affinité de liaison.
Les aptamères sont des ligands à base d'acides nucléiques aux propriétés comparables à celles des anticorps. Ces molécules sont de plus en plus utilisées comme outils de recherche, mais également dans des applications industrielles telles que le développement d'agents de contraste, procédés de biopurification, kits de diagnostic, ou nouvelles thérapies.
La plateforme est ouverte aux partenaires industriels et aux laboratoires académiques, et travaille en étroite collaboration avec ses partenaires tout en assurant la protection de la propriété intellectuelle (brevets, accords de confidentialité, MTA…), et en adaptant ses interventions aux besoins spécifiques de chaque projet.
Nous pouvons identifier des aptamères contre tout type de cible - des petites molécules et peptides aux protéines et cellules - et les caractériser en termes d'affinité, spécificité et activité biologique.
Activités
Toutes les activités peuvent être proposées de manière indépendante ou intégrées dans des programmes SELEX (sélection systématique de ligands par enrichissement exponentiel) et des collaborations.
Préparation de bibliothèques d'oligonucléotides
Nous concevons et produisons des bibliothèques premium et sur mesure en ADN, ARN, ARN 2′F-Py et avec des bases modifiées chimiquement. Chaque bibliothèque est conçue et adaptée aux besoins spécifiques de votre projet, garantissant des performances optimales pour vos campagnes de découverte d'aptamères.
Sélection d'aptamères
Nous sélectionnons des aptamères à haute affinité contre une large gamme de cibles, des petites molécules et protéines aux virus, bactéries et cellules eucaryotes. Forts de plus de 30 ans d'expertise en SELEX, nos solutions sont adaptées à chaque projet, que vous nécessitiez un programme SELEX complet ou un soutien ciblé à des étapes critiques du développement.
Séquençage à haut-débit et analyse
Nous proposons un service ultra-rapide de NGS, incluant la préparation de bibliothèques et le séquençage sur plateformes Illumina, pour analyser rapidement les banques de différents tours de SELEX. Grâce à notre suite bio-informatique propriétaire PATTERNITY.seq, nous analysons des millions de séquences pour suivre l'enrichissement, identifier les motifs clés et accélérer la découverte d'aptamères. Ce service est disponible de manière autonome ou pleinement intégré dans des programmes SELEX et collaborations.
Production d'aptamères
Nous produisons des aptamères (y compris des séquences publiées) à petite ou grande échelle, avec purification par PAGE pour garantir des lots hautement qualitatifs et prêts à l'emploi.
Ingénierie et conjugaison d'aptamères
Nous concevons des variants d'aptamères sur mesure, y compris des motifs tronqués, optimisés par doped-SELEX pour répondre précisément à vos besoins. Il est également possible d'incorporer des modifications chimiques ou groupes réactifs afin d'améliorer leur stabilité et affinité, ou d'ajouter de nouvelles fonctionnalités, comme l'immobilisation sur support. Les aptamères peuvent également être conjugués à des fluorophores ou des molécules radioactives pour des applications en imagerie.
Évaluation de la liaison
Nous proposons un profilage d'affinité rapide et précis via BLI (Octet R8, Sartorius) pour mesurer Kd, Kon et Koff, et évaluer la spécificité des interactions. Pour les aptamères ciblant les cellules, nous utilisons des tests de liaison radioactifs automatisés sur un automate plateformes Hamilton, et pouvons même mesurer la cinétique d'interaction en temps réel avec un LigandTracer® (Ridgeview).
Applications des aptamères
Avec notre expertise approfondie en aptamères et l'accès aux autres plateformes avancées de MIRCen, nous pouvons vous aider à développer des solutions sur mesure pour le diagnostic, la thérapeutique, le contrôle qualité et la purification par affinité. Par exemple, nous pouvons évaluer la biodistribution in vivo d'aptamères via la plateforme PET ou tester leur potentiel thérapeutique via les plateformes de culture cellulaire et d'évaluation préclinique. Du concept à l'implémentation, nous accompagnons vos projets pour exploiter la spécificité et la polyvalence uniques des aptamères.
Découvrez la recherche et le développement d'un diagnostic innovant de maladies neurodégénératives.
Par Frédéric Ducongé, chercheur en biologie moléculaire à MIRCen