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Recherche sur le microbiome : deux thèses au LI2D dans le cadre de METAMIC 3, un « Doctoral Network » financé par l’Union européenne


​​Membre du « Réseau doctoral » METAMIC 3 du programme cadre Horizon Europe, le LI2D (SPI/DMTS à Marcoule) finance deux thèses dans le domaine de l’analyse métaprotéomique des microbiomes. L’une concerne l’étude dynamique du microbiote des voies respiratoires de patients atteints de mucoviscidose traités par un modulateur de la protéine CFTR. L’autre vise à améliorer les méthodes d'acquisition par spectrométrie de masse afin d'obtenir un maximum d'informations sur les microbiomes.

Publié le 23 septembre 2025

Le concept One Health est fondé sur l'interdépendanceentre les santés des humains, des animaux et des écosystèmes environnementaux. Les microbiotes sont des communautés clés de cette interdépendance : en échangeant des microbes, des plasmides, des transposons ou des gènes, ils influencent non seulement les santés humaine et animale, mais aussi des processus environnementaux, agricoles et biotechnologiques clés.

Prévenir l'émergence de pathogènes, ainsi que surveiller et contrôler la composition des microbiotes et de leurs microbiomes par le biais d'effecteurs microbiens – notamment des facteurs de virulence, des toxines, des antibiotiques, des peptides non ribosomiques et des virus – représente un potentiel d'applications en santé et en biotechnologies.

La métaprotéomique offre un cadre méthodologique innovant, car elle permet d'analyser la dynamique microbienne en quantifiant la composition de la biomasse microbienne, les fonctions métaboliques, et en détectant des effecteurs tels que les virus, les antibiotiques et les peptides non ribosomiques.

L'Union européenne finance le « doctoral network » METAMIC 3 (« Metaproteome-based leveraged microbiome management in the context of One Health") pour former 15 étudiants aux analyses métaprotéomiques de microbiomes.

Les offres au CEA-Joliot

Le LI2D de Marcoule fait partie du réseau METAMIC 3 et deux thèses y sont financées.

La thèse proposée par Lucia Grenga concerne l'étude dynamique du microbiote des voies respiratoires de patients atteints de mucoviscidose traités par un modulateur de la protéine CFTR. Cette thérapie protéique a émergé récemment et concerne les patients pour qui la synthèse de CFTR n'est pas totalement arrêtée. Une partie des recherches vise à intégrer les profils fonctionnels du microbiome aux données cliniques afin de comprendre la dynamique du microbiome, dans le but d'identifier les effecteurs responsables des interactions pathogènes-commensaux, susceptibles d'être exploités pour mieux gérer les infections des voies respiratoires.​

La thèse proposée par Jean Armengaud vise à améliorer les méthodes d'acquisition par spectrométrie de masse afin d'obtenir un maximum d'informations sur les microbiomes. Les méthodes seront comparées et leur robustesse documentée en collaboration interdisciplinaire avec d'autres chercheurs du réseau METAMIC3.



Contact Institu​​t des sciences du vivant Frédéric-Joliot :

Lucia Gren​​ga (lucia.grenga@cea.fr)

Jean Armen​​gaud (jean.armengaud@cea.fr)



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