Team leader :
Eric Bonnet, PhD, HDR, DR CEA
E-mail: eric.bonnet
cnrgh.fr
The Computational Genomics Laboratory of the CNRGH conducts research projects in NGS data analysis (short reads & long reads) on human genomics, in collaboration with experimental biologists or on the laboratory's own research topics. The genomic data analysed are bulk transcriptomic, single cell transcriptomic, variants, chromatin accessibility or 3D genome architecture. We work on various human pathologies such as neurodegenerative diseases (Huntington, Alzheimer) or certain dermatological diseases. The data comes from patient cohorts, animal models, or simple or 3D cell cultures (organoïds). The laboratory also has expertise in tools and methods for inference and analysis of biological networks.
Team members
Solène Brohard, PhD, ingénieur-chercheur CEA
Kévin Muret, PhD, ingénieur-chercheur CEA
Claire Jubin, PhD, ingénieur-chercheur CEA
Nouara Oussada, ingénieur-chercheur CEA (50% avec l'Institut François Jacob CEA)
Vincent Le Goff, CDD Ingénieur-Chercheur CEA
Alumni
Lilia Mesrob †, ingénieur de recherche INSERM (2018 – 2020)
Jeanne Cherruaud, étudiante en médecine et Master 1 sciences et santé, Université de Nantes (Mai – Juin 2022)
Alexandre Hubert, stagiaire Master 1 bioinformatique, Université de Rennes (Avril – Juillet 2022)
Seydi Thimbo, stagiaire Master 2 bioinformatique, Université de Montpellier (Février – Juillet 2022)
Sara Bencheikh, stagiaire Master 2 (contrat d'apprentissage), Université de Rouen (2021 - 2023)
Miriam Riquelme-Pérez, PhD student (2019 - 2023)
Camille Lemercier, stagiaire M2 Bioinformatique, Université d'Evry (Février - Juin 2023)
Naëla Gourri, stagiaire M1 Bioinformatique, Université d'Evry (Mai - Juillet 2023)
Clara Cherruaud, stagiaire école d'ingénieur ISEN Brest (Juin - Septembre 2023)
Collaborations
- Laboratoire Astrocytes réactifs dans les maladies neurodégénératives (Dr Carole Escartin, MIRCen, CEA Fontenay-aux-Roses)
- Laboratoire Imagerie Multimodale Intégrative des Maladies Neurodégénératives et Thérapies (Dr Marc Dhenain, MIRCen, CEA Fontenay-aux-Roses)
- Hôpital Henri Mondor à Créteil (Pr Sophie Hüe PUPH)
- Laboratoire de Bioinformatique, CNRGH, Evry (Dr Vincent Meyer)
- Equipe Maths et Statistiques, CNRGH, Evry (Dr Edith Le Floch)
- Equipe Chromatine et organisation 3D du génome, CNRGH, Evry (Dr Sophie Chantalat)
- Equipe de recherche biomarqueurs circulant, CNRGH, Evry (Dr Florence Mauger)
- Laboratoire Epigénétique et environnement, CNRGH, Evry (Dr Jörg Tost)
- Computational Biology Unit, Department of bioinformatics, Bergen (Pr Tom Michoel)
Publications