La métabolomique étudie les petites molécules présentes dans un organite, une cellule, un tissu, un organe ou un organisme. La nature de ces métabolites et leurs concentrations révèlent avec précision une activité biochimique ou l'état physiologique de cellules ou de tissus, ce qui les désigne comme de potentiels candidats biomarqueurs dans divers contextes pathologiques.
Cette discipline utilise principalement la spectrométrie de masse (SM) et la résonance magnétique nucléaire (RMN). Cependant, les spectres qui en résultent sont souvent très complexes ; ils comptent de nombreuses composantes (pics) qu'il n'est pas simple d'attribuer à telle ou telle molécule (annotation des pics).
C'est pourquoi des chercheurs français ont développé le portail PeakForest en accès libre : https://github.com/peakforest ou https://peakforest.org/.
Il contient une base de données spectrales de référence (RMN et SM) et offre des services de stockage et d'annotation de spectres et de profils métaboliques de matrices biologiques. Équipé d'une interface graphique, PeakForest peut être déployé localement afin de faciliter l'annotation du métabolome. Il offre, pour la première fois, la possibilité de :
- saisir et stocker des données et métadonnées spectrales expérimentales SM et RMN,
- collecter et afficher des annotations de signaux, de manière structurée et centralisée au niveau de chaque laboratoire, tout en facilitant le partage de données entre laboratoires.
En s'appuyant sur l'expertise et l'expérience des membres de MetaboHUB, l'infrastructure nationale française de métabolomique et de fluxomique (l'étude des flux de métabolites), PeakForest lève les verrous techniques de l'annotation des données spectrales à grande échelle et de l'identification des métabolites.
Il fait progresser les bases de données spectrales de la communauté métabolomique selon les principes de science ouverte « FAIR » (Findability, Accessibility, Interoperability, Reuse).
À moyen terme, PeakForest s'appliquera à des données issues d'autres techniques spectroscopiques.
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