Les microARN (miARN) sont de petites molécules capables de réguler finement la production de protéines dans nos cellules. Mis à l'honneur par le prix Nobel de physiologie et médecine qui a récompensé Gary Ruvkun et Victor Ambros en 2024, leur rôle est crucial : lorsqu'ils dysfonctionnent, ils peuvent contribuer à l'apparition de nombreuses pathologies, notamment du cancer. Comprendre les interactions d'un miARN sur ses gènes cibles représente aujourd'hui un défi scientifique de taille.
Pour y répondre, de nouvelles approches émergent dont celle par co-séquençage unicellulaire. Cette technique permet de mesurer simultanément, cellule par cellule, l'expression des miARN et des ARN messagers (ARNm), offrant une vision beaucoup plus précise des interactions entre ces molécules régulatrices et les gènes qu'elles contrôlent.
Dans une étude publiée en 2025, une équipe du CEA-Irig a conduit une nouvelle analyse critique de données pionnières publiées en 2019, en appliquant une analyse statistique plus rigoureuse. Les travaux initiaux suggéraient que plusieurs miARN très abondants pouvaient réguler massivement leurs gènes cibles. Les chercheurs ont démontré que ces conclusions étaient largement biaisées par la méthode d'analyse utilisée.
Leur étude montre que :
- Seul un miARN, nommé miR-92a-3p, montre une régulation robuste et cohérente sur plusieurs gènes cibles dans la condition expérimentale testée.
- La majorité des miARN, même très exprimés, n'exercent pas d'effet généralisé détectable sur un grand nombre de cibles.
Les résultats dépendent des choix des paramètres d'analyse (seuils d'expression, scores de prédiction et conservation évolutive des cibles), qui doivent donc être standardisés.
Au-delà de cette révision critique, les chercheurs ont proposé des bonnes pratiques pour l'exploitation des données de co-séquençage unicellulaire et ont partagé publiquement leurs codes d'analyse. Ces recommandations permettront d'utiliser ces données comme références pour améliorer les algorithmes de bioinformatique.
Ces avancées renforcent la fiabilité des conclusions que l'on peut tirer du co-séquençage unicellulaire et ouvrent des perspectives concrètes pour la médecine personnalisée, où les miARN pourraient servir de biomarqueurs ou de leviers thérapeutiques prometteurs.