Les cohortes de neuroimagerie-génétique en population générale rassemblent deux types de données : l'imagerie cérébrale et les gènes. Ces outils uniques permettent de rechercher des corrélations entre des variants génétiques et des caractéristiques issues de l'imagerie du cerveau, et plus généralement, d'étudier l'influence de la génétique et de l'environnement sur la variance des caractéristiques cérébrales observées dans les populations normales et pathologiques. En analysant de telles cohortes, les chercheurs espèrent découvrir des associations génétiques avec des caractéristiques plus précoces ou plus fiables que les diagnostics observables sur un individu.
La cohorte UK Biobank qui comptait 16.304 sujets à la date de l'étude est actuellement la meilleure illustration au monde de cette approche ambitieuse. Pour chaque sujet, les chercheurs ont mesuré :
- 1.051.316 haplotypes, c'est-à-dire des séquences de plusieurs variants contigus, hérités du même parent et généralement transmis ensemble,
- la béance (exprimée en millimètres) de 123 sillons cérébraux (dépressions longilignes à la surface du cortex).
Ils ont ensuite recherché les corrélations entre ces deux séries de mesures, soit 1.051.316 × 123 combinaisons ! Ils ont ainsi pu mettre en évidence plusieurs régions génomiques d'intérêt (sur les chromosomes 9, 12 et 16) associées à l'ouverture des sillons. Ce résultat a pu être confirmé sur environ 5000 sujets extérieurs à la cohorte.
Les chercheurs ont ainsi pu cartographier les sillons répartis sur tout le cortex qui présentent une variabilité d'ouverture pouvant être expliquée partiellement par des régions du génome. Ils ont, de plus, pu comparer leur approche haplotypique à des méthodes classiques d'association par Single Nucleotide Polymorphism où chaque variant génétique est traité individuellement et montrer, en particulier, que les analyses d'haplotypes à l'échelle du génome sont plus sensibles et représentent une alternative intéressante et statistiquement solide.
Pour mieux comprendre…
Les variants de type Single Nucleotide Polymorphism (SNP) constituent la forme la plus abondante de variations génétiques dans le génome humain. Ils représentent plus de 90 % de toutes les différences entre individus. C'est un type de polymorphisme de l'ADN dans lequel deux chromosomes diffèrent sur un segment donné par une seule paire de bases.En savoir plus la cohorte UK Biobank.